Родился в 1935 году в г. Горьком – в посёлке Калининском при артиллерийском заводе № 92 им. И.В. Сталина, где его отец, Худяков Андрей Петрович, работал вместе с В.Г. Грабиным с 1934 по 1942 год. В 1943 году вместе с родителями переехал в подмосковный г. Калининград (ныне Королёв). В 1953 году поступил в Московский энергетический институт, который окончил в 1959 году с отличием по специальности «инженер-электромеханик», и начал работать в Центральном артиллерийском конструкторском бюро (ЦАКБ) у В.Г. Грабина.
После вхождения в 1959 году ЦАКБ в состав ОКБ-1 С.П. Королёва (ныне РКК «Энергия» им. С.П. Королёва) проработал на этом предприятии вплоть до 2010 года. Прошел путь от инженера до начальника отдела и заместителя директора программ - «Энергетические установки на топливных элементах». Кандидат технических наук, доцент, автор нескольких книг и многих научно-технических статей и изобретений. Руководил проектными работами при создании энергоустановок на основе топливных элементов для Лунного орбитального корабля советской лунной экспедиции (1967-1972), для много-разового пилотируемого космического корабля «Буран» (1976-1991), для подводных аппаратов и подводных лодок, леговых автомобилей и электро-теплоснабжения различных народно-хозяйственных объектов (1991-2010).
Совместно с отцом является автором пяти изданий книги «Гений артиллерии В. Грабин и мастера пушечных и ракетно-космических дел» (2000, 2007, 2010, 2015, 2018), автором книги «Центральное артиллерийское конструкторское бюро (ЦАКБ – ЦНИИАВ – НИИ-58 – ЦНИИ-58) 1942-1959 г.г.» (2017), а также автором многочисленных публикаций о В.Г. Грабине в газетах и журналах.
Подробную информацию о литературной деятельности С.А. Худякова по теме - «В.Г. Грабин» можно найти на сайте Елизаветинского храма г. Королёва в разделе «Портреты».